In seguito ad alcuni ritrovamenti archeologici, si è avanzata l'ipotesi che la zona di Fregene fosse conosciuta anche in antichità, probabilmente per la presenza di un porto fluviale situato alla foce del piccolo fiume Arrone, che dopo essere uscito dal lago di Bracciano si getta in mare proprio nel territorio della piccola cittadina.
Nel 1666 papa Clemente IX dispose la messa a dimora della pineta, poi divenuta monumentale, per la difesa dei campi coltivati dai venti marini e per rendere salubre il terreno acquitrinoso circostante.
Oggi è una località turistico balneare di livello medio-elevato e piuttosto conosciuta (nota come la perla del litorale laziale), e negli ultimi decenni ha raggiunto una crescente visibilità per via di numerose frequentazioni del mondo dello spettacolo e della cultura, come ad esempio Federico Fellini, che qui spesso amava soggiornare e dove peraltro aveva girato il suo primo film a colori "Giulietta degli Spiriti" (in una nota villa di recente abbattuta per lasciare il posto ad alcune nuove costruzioni), Alberto Moravia (proprietario di una caratteristica villa curiosamente installata alla foce dell'Arrone), Walter Chiari, Marcello Mastroianni, Ettore Scola e tanti altri.
